Применение популярно в стоматологии, где используется в качестве натурального антисептика для ротовой полости. Его часто добавляют в разнообразные гигиенические растворы с целью очистки рта от патогенных бактерий. Очищает слизистую рта, устраняет неприятные запахи, купирует воспалительные процессы ротовой полости, ликвидирует неприятные запахи, дарит свежесть дыханию. 

Масло чайного дерева используется для лечения различных кожных заболеваний, таких как акне, экзема, грибковые инфекции, а также для заживления ран и укусов насекомых. Его антибактериальные свойства помогают бороться с инфекциями, а противовоспалительные - уменьшить покраснение и раздражение. 

• Акне (угревая сыпь). Уничтожает бактерий, которые провоцируют появление воспалительных элементов.
• Псориаз. При регулярном применении уменьшает размер псориатических бляшек.
• Разные виды дерматитов. Оказывают противовоспалительное действие, за счет чего уменьшают выраженность симптомов дерматита.
• Жирная кожа лица и головы. Масло чайного дерева уменьшает выработку кожного сала.
• Грибковое поражение ногтей и кожи. Эффект развивается за счет противогрибкового действия.
• Перхоть. Является заболеванием грибковой этиологии, поэтому масло чайного дерева со временем устраняет перхоть или уменьшает её проявления.
• Эффективно при герпесе.
• Устраняет гнойничковые и угревые поражения кожи.
• Хорошо для жирных волос.

Применяется для лечения респираторных заболеваний, таких как кашель, простуда и грипп. Его можно использовать для ингаляций, добавляя в аромалампы или в горячую воду для вдыхания паров. Способствует глубокому проникновению антибактериальных компонентов, которые очищают трахеобронхиальное дерево изнутри, увеличивают кровенаполнение легочной ткани.

Благодаря разогревающему и противовоспалительному воздействию, масло чайного дерева используется в качестве препарата для наружной терапии при воспалительных заболеваниях структур опорно-двигательного аппарата (артриты, бурситы, миозиты).